تنبثق الأسس الجوهرية التي تقوم عليها البنوك الإسلامية من الأساس العقدي الذي تنبني عليه كافة جوانب الاقتصاد الإسلامي ومنها مجال البنوك الإسلامية، وبالتالي هناك ضوابط متعددة مقررة في مجال عمل البنوك الإسلامية ومن أهمها ضابط الحلال والحرام وضابط الأولويات الشرعية في مجال التمويل والاستثمار. 

كذلك يفرض الأساس العقدي تبعات متعددة في هذا المجال سواء أكان ذلك في جانب المطبقين لنظام البنوك الإسلامية أم في جانب ولي الأمر وبالجملة في حق المجتمع بأكمله.

وتتمثل أهم هذه الأسس فيما يلي: 

1. انطلاقاً من ضابط الحلال والحرام الذي يترتب على الأساس العقدي للاقتصاد الإسلامي فإن التعامل بالفائدة لا يجوز بحال من الأحوال سواء أكان ذلك في حق المودعين أم المقترضين كذلك يحرم على البنوك الإسلامية أن تقوم بتمويل أنشطة محرمة في الإسلام مثل إقامة مصانع للخمور وغيرها. ويتصل بما سبق أيضاً حرمة قبولها ودائع من مصدر حرام كأن تكون ودائع مصدرها غسيل أموال أو مخدرات وغيرها. 

2. لما كان من المعروف أن الإسلام عندما يحرم وسيلة أو طريقاً معيناً، فإنه في المقابل يتيح للمسلم الطريق الحلال، فإن الإسلام يقرر مبدأ المضاربة أو المشاركة وغيرها من الوسائل التي تساعد على توظيف أموال المودعين وفقاً لمنهج إسلامي صحيح. 

3. انطلاقاً من ضابط الأولويات الشرعية الذي يقرره الأساس العقدي للاقتصاد الإسلامي، فإن لرأس المال رسالة يؤديها في الفكر الإسلامي تختلف عن رسالته في الاقتصاد الوضعي. 

فهو في الاقتصاد الوضعي إنما يعمل بهدف الكسب المطلق، أما المنهج الإسلامي فلا يعتبر الكسب المطلق هو المحرك لرأس المال فقط، بل يعقد الإسلام لرأس المال دوراً اقتصادياً واجتماعياً وإنسانياً يؤديه في المجتمع.

وبالتالي فإن صح أن البنوك التجارية لا تراعي الترتيب الشرعي للأولويات – الضروري ثم الحاجي ثم التحسيني – عند قيامها بوظيفتها التمويلية، فإن البنوك الإسلامية مطالبة بمراعاة واحترام هذا الترتيب. 

1. تنفرد البنوك الإسلامية بقدرتها على القيام ببعض الوظائف التي لا تستطيع أن تقوم بها البنوك التجارية ومن ذلك: قيامها بتقديم قروض حسنة (أي بدون فوائد) وذلك للطبقات المحتاجة في المجتمع، وبالتالي لا يقتصر تعامل البنوك الإسلامية مع طبقة الأغنياء، فقط في المجتمع، بل يمتد نفعها لجميع طبقات المجتمع. 

كذلك تقوم البنوك الإسلامية بإخراج الزكاة عن رؤوس أموالها التي تملكها ويمكنها أن تقوم بإخراج الزكاة نيابة عن بعض المودعين (في حالة تفويضهم للبنك بذلك) وتملك البنوك وسائل متعددة تستطيع أن تؤدي بها الزكاة لفئات ومصالح يعجز الأفراد العاديون عن الوصول لمثل هذه المصارف، وفي كل ذلك النفع العظيم للإسلام والمسلمين. 

وباستقراء الأسس السابقة التي تقوم عليها البنوك الإسلامية يتضح أنها بنوك لا تستهدف تحقيق هدف الربح بصورة مطلقة، بل منوط بها تحقيق أهداف أخرى استثمارية وتنموية واجتماعية وإنسانية.